Hallo Hannok,
ich hab noch keine Bordbatterie und somit auch keinen Batteriemonitor. Den solltest du auf die oberste wirklich erreichbare Ladespannung eichen - aber das ist ja noch nicht gegeben.
Die 28V hab ich auch gesehen. Wenn du die Kapazität wirklich ausschöpfen willst, wäre ein 28,8V Regler sowie sinnvoll.

Leitungsverluste sind schon möglich, aber gerade so einen konstanten Abfall von etwa 1V halte ich bei normaler Verkabelung mit dicken Batteriekabeln für wenig wahrscheinlich. Da müsste der Kabelquerschnitt irgendwo auf 1- 2 mm² eingeschnürt sein. Lockere Schrauben ergäben einen Wackelkontakt.

Daher nun meine neue Diagnose: Die Starterbatterien sind ja ständig am Generator angeschlossen. Sollten die also schon etwas lädiert sein, könnten sie dauerhaft (auch im Vollzustand) einen großen Ladestrom verursachen, der die Spannung auf 27,4 V einbrechen lässt, obwohl der Generator auf 28V regeln will. Der Generator liefert ja nur max. 55A. Dieses Problem würde im Normalbetrieb gar nicht auffallen.
Also mal den Stromfluss Generator - Startbatterie messen. Am besten mit einem Zangenmultimeter, Motor bitte nicht ohne Startbatterie laufen lassen. Nach dem Motorstart müsste der Batteriestrom ständig abnehmen, nach einigen Minuten weniger als 1 A max.
Oder ein paar neuwertige Vergleichsbatterien einbauen und dann die Spannung damit messen.

Zum Rest unten:
Eine Temperatursteuerung hat dein Regler nicht, der versucht nur die 28V zu halten.
Metalle leiten bei höheren Temperaturen besser, ist also Quatsch.

Gruß
Erich