Hallo Thomas,
du vermutest also das das Trennrelais R1 umgangen wurde - kann auch sein. Aber dazu müsste zuerst müsste der Kurzschlußstrom anfangs über R1 und T1 (Anschluß COM) geflossen sein, ohne diese Strecke zu schmelzen ? Haben die Leitungen zu Versorgungsbatterie und Startbatterie überall die gleichen Leitungsquerschnitte ? Davon hängt es ja auch ab was im Kurzschlußfall schmilzt und was nicht.
Ich kann mich mit meinen Erklärungsversuchen nur auf deine geschriebenen Aussagen beziehen.
Warum kannst du die Ursache des Kurzschlusses nicht lokalisieren ? Das ist die Stelle von der Lichtmaschine aus gesehen, aber der die Isolation abgeschmolzen ist, müsste doch erkennbar sein ?
Nebenbei: ich gehe immer davon aus das der Trennschalter T1 nur auf Starter batterieladen eingestellt war !

Deine Frage mit dem Masseanschluß verstehe ich nicht, weil mir nicht eindeutig klar wird was du meinst.
Masse möglichst kurz an den Rahmen führen, keine Kreuzung mit spannungsführenden Leitungen.

Gruß
Erich