Beim Benziner wäre es klar, warum der bei leeren Batterien ausgeht, bei deinem bin ich erst einmal ratlos.
Vieleicht hat das was mit dem Ausstellmotor zu tun, aber von dem habe ich nicht viel Ahnung.

Das dein Radio nicht bei nur einer Batterie funktioniert, bedeutet, dass du entweder ein 24V Radio, das Radio ist korrekt angeschlossen, oder du einen extra 24V Wandler eingebaut hast, der nun natürlich nicht mehr funktioniert, wenn nur eine Batterie angeschlossen ist.
Da das aber nur Experimetiererei ist, misst du deine Ruhestromverbraucher mal mit einem Multimeter, so wie oben erwähnt, mal aus.
Du musst wissen, wieviel Ruhestrom dein Netz zieht, damit du sehen kannst, ob da ein übermässiger Verbrauch für die Entladung der Batterien verantworltich ist oder ob es vieleicht auch an deiner Lima liegt und diese nicht genug Ladespannung aufbaut.
Zum Messen des Ruhestromes brauchst du ein Amperemeter, der Ruheladung der Batterie ein Voltmeter wie auch zum Messen des Ladestromes. Beides bietet dir ein Multimeter für 5 EUR vom Baumarkt.
Auf die Armaturen im Cockpit würde ich mich nur bedingt verlassen.

Nissan Patrol K260 3,3TD 81KW BJ 89, kurz, 2800kg Anhängelast, 245/70 R16 M+S Kobra